Вариант А: некорректная установка проги. Если на первый комп ставить программу посредством инсталляции, а на второй перенести копированием установленных файлов, то в них могут остаться настройки от первого компа, а так же не будет записи в реестре (иногда таковая запись необходима для корректной работы самой программы).
Вариант Б: некорректная переустановка проги в прошлом. Если на проблемном компе данная программа ранее уже использовалась, потом была грубо удалена вручную, без использования деинсталлятора, то от неё могли остаться огрызки в виде скрытых системных файлов, способных создать проблемы после новой установки. Лечится грамотным удалением проблемной проги (иногда требуется дочистка вручную, в т.ч. реестра) с последующей грамотной установкой.
Вариант В: если на обоих компах стоят сильно разные версии винды (например десятка и виста), существует вероятность, что под какую-то их них программа плохо заточена и работает некорректно. Можно пошаманить с режимами совместимости, или с запуском от имени Администратора. Ну а лучше, конечно же, поискать правильную версию программы.
Ну а начать поиск проблемы можешь с сравнения обоих программ на обоих компах. Ну там типа размеры, количество файлов. Может какие-то файлы не установились, или недокопировались (особенно это касается системных файлов, зачастую скрытых от глаз неопытных пользователей и потому часто ими пропускаемых). Особое внимание удели инишникам (если они есть).
И еще такой нюанс. Ну так, на всякий пожарный. Если ты получил проблемную программу в виде архива 7-Zip, то для распаковки нужен исключительно 7-Zip. Другие архиваторы могут видеть запакованные файлы лишь частично и, соответственно, распаковывать архив не полностью - хотя со стороны будет казаться, что всё окей.